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まだベータテスト中ということらしいので，見るたびに項目の数が変わっていたりグラフのノードの関係やノードの数が変わっていたりしているようです．ちょっとアプレットの表示領域が狭く感じます．ソースを引っ張り出してから広くして表示させるといい感じかもしれません．
辺の色は赤ければノード間が近すぎたり遠すぎたりしているということです．左右同時クリックすればノードを固定できます．